আরজি কর কাণ্ডের মাঝেই বিভিন্ন দুর্নীতি ও অনিয়মের অভিযোেগ উঠে আসছে। এদিকে রাজ্যের বিভিন্ন মেডিক্যাল কলেজে অনিয়ম নিয়ে আগেই সতর্ক করেছিল ক্যাগ। ২০২৩ সালের ৫ অক্টোবর রাজ্যের স্বাস্থ্যসচিব নারায়ণস্বরূপ নিগমকে চিঠি দিয়ে সতর্ক করেছিলেন প্রিন্সিপ্যাল অ্যাকাউন্ট্যান্ট জেনারেল। নবান্নের শীর্ষকর্তাদের একাংশের মত, এই অডিট রিপোর্টের পর স্বাস্থ্য দপ্তরের তরফে উপযুক্ত ব্যবস্থা নিলে এতটা বিড়ম্বনায় পড়তে হতো না।